Gianni Pellicani è morto il 21 aprile 2006 nella sua casa. Corale è stata la testimonianza di cordoglio in città, emozionata la partecipazione di folla ai funerali. Era anche – come annotò Giorgio Napolitano, prossimo all’elezione a Presidente della Repubblica – un risarcimento alle amarezze degli ultimi anni. Ma era, soprattutto, il grazie di una città intera.
I funerali si tennero a Mestre. Durante la cerimonia si sono susseguiti gli interventi di Massimo Cacciari (allora Sindaco di Venezia), Piero Fassino (allora Segretario nazionale dei DS), Giorgio Napolitano (allora Senatore a vita).